WEKO3
アイテム
標準化レーベンシュタイン距離法を用いたアミノ酸置換スコア行列であるBLOSUMの改良と応用
https://doi.org/10.14988/pa.2020.0000000088
https://doi.org/10.14988/pa.2020.0000000088cc08533c-b7cf-490a-8e49-5e52f16471bf
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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023061010004.pdf (4.8 MB)
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| Item type | 紀要論文 / Departmental Bulletin Paper(1) | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2020-05-28 | |||||||||||
| タイトル | ||||||||||||
| タイトル | 標準化レーベンシュタイン距離法を用いたアミノ酸置換スコア行列であるBLOSUMの改良と応用 | |||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| タイトル | ||||||||||||
| タイトル | ヒョウジュンカ レーベンシュタイン キョリホウ オ モチイタ アミノサン チカン スコア ギョウレツ デアル BLOSUM ノ カイリョウ ト オウヨウ | |||||||||||
| 言語 | ja-Kana | |||||||||||
| タイトル | ||||||||||||
| タイトル | Improvement and application of BLOSUM which is blocks of amino acid substitution matrix using standardized Levenshtein distance method | |||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 言語 | ||||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 主題 | 標準化レーベンシュタイン距離法, 人工設計タンパク質, 情報エントロピー BLOSUM, standardized levenshtein distance method, designer proteins, information entropy |
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| 資源タイプ | ||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||
| 資源タイプ | departmental bulletin paper | |||||||||||
| ID登録 | ||||||||||||
| ID登録 | 10.14988/pa.2020.0000000088 | |||||||||||
| ID登録タイプ | JaLC | |||||||||||
| アクセス権 | ||||||||||||
| アクセス権 | open access | |||||||||||
| アクセス権URI | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 | |||||||||||
| 著者 |
金城, 和輝
× 金城, 和輝× 伊藤, 利明
WEKO
17744
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| 著者所属 | ||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 値 | 金城, 和輝 / Department of Biomedical Engineering, Doshisha University | |||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 値 | 伊藤, 利明 / 同志社大学生命医科学部医工学科教授 | |||||||||||
| 抄録 | ||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||
| 内容記述 | タンパク質の構造の分析手法の多くは, X線結晶構造解析法と核磁気共鳴法で行われている. しかし, 双方とも時間やコストがかかり, この問題を解決する手段としてBLOSUMを導入したプログラムでタンパク質の構造を推定する方法が用いられている. 特にBLOSUM62が用いられている. しかし,BLOSUM62は情報エントロピーの不可逆性と精度の低さが報告されている. 本研究では標準化レーベンシュタイン距離によってBLOSUM62の改良であるLBLOSUM0を作成した.LBLOSUM0は情報エントロピーの不可逆性と精度の向上を確認できた. 以上から, LBLOSUM0の方がBLOSUM62により優れていることが判った | |||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 抄録 | ||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||
| 内容記述 | Currently, many protein structure analysis methods are performed by X-ray crystal structure analysis and nuclear magnetic resonance, but these take time and cost. Therefore, we use program with BLOSUM to estimate protein structure. Especially, BLOSUM62 is used. It is reported that information entropy is irreversible. And it is said to be inaccuracy. In this study, we created LBLOSUM0 improved BLOSUM62 by standardized levenshtein distance method. BLOSUM62 and LBLOSUM0 were compared to accuracy and information entropy. As a result, LBLOSUM0 secured the reversibility of information entropy and showed an improvement in the agreement rate. In the future, we will adapt this method to improve genomic drug discovery. | |||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 書誌情報 |
ja : 同志社大学ハリス理化学研究報告 en : The Harris science review of Doshisha University 巻 61, 号 1, p. 22-29, 発行日 2020-04-30 |
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| 出版者 | ||||||||||||
| 出版者 | 同志社大学ハリス理化学研究所 | |||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 出版者（英） | ||||||||||||
| 出版者 | Harris Science Research Institute of Doshisha University | |||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| ISSN | ||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | PISSN | |||||||||||
| 収録物識別子 | 21895937 | |||||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||||
| 収録物識別子 | AA12716107 | |||||||||||
| 権利者情報 | ||||||||||||
| 権利者識別子Scheme | AID | |||||||||||
| 権利者識別子 | DA18202107 | |||||||||||
| 権利者名 | 同志社大学ハリス理化学研究所 | |||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 権利者名 | Harris Science Research Institute of Doshisha University | |||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 関連サイト | ||||||||||||
| 関連タイプ | isFormatOf | |||||||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||||||||
| 関連識別子 | https://doors.doshisha.ac.jp/opac/opac_link/bibid/SB12902196/?lang=0 | |||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 関連名称 | 掲載刊行物所蔵情報へのリンク ／ Link to Contents | |||||||||||
| フォーマット | ||||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||||
| 内容記述 | application/pdf | |||||||||||
| 出版タイプ | ||||||||||||
| 出版タイプ | VoR | |||||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 | |||||||||||
| 日本十進分類法 | ||||||||||||
| 主題Scheme | NDC | |||||||||||
| 主題 | 464.2 | |||||||||||
